Come potete vedere, la finestra è suddivisa in 5 parti principali: 

• Nella sezione 1, "Menù" si trovano i menù a cascata dai quali si può accedere a tutte le funzioni del programma, in particolare i menù sono: Extra (Funzioni generali del programma), Lingue (si può scegliere il file di lingua da utilizzare), Drives (si impostano i drives presenti nel PC), Analizza (consente di ricercare il SecuRom *new* nell'hard disk), Impostazioni per CCD (consente di impostare manualmente le opzioni per CloneCD per una determinata protezione), ? (ci sono le info sul programma)

• Nella sezione 2,  compaiono due menù a discesa e dei pulsanti. Nel primo dei due menù compaiono i nomi dei CDs che sono inseriti, nel secondo i drives presenti nel PC. Da questi due menù si può scegliere quale Drive o CD deve essere analizzato. I pulsanti sono: Eject (consente di aprire e chiudere il cassetto del drive) , Info CD (da numerose informazioni riguardo il CD scelto) e Nuovo disco (va premuto se si inserisce un nuovo disco durante la stessa sessione di ClonyXXL)

• Nella sezione 3, sono presenti 3 zone principali. 
  In quella in alto a sinistra Viene mostrato il logo della protezione trovata.
  Più in basso si trovano invece 10 teschi che indicano la difficoltà per copiare il CD (più teschi sono "accesi", più è difficile copiare).
  Nella parte a sinistra si trovano infine 5 caselle che indicano le caratteristiche della protezione.
   

• Nella sezione 4, sono presenti i pulsanti principali del programma: Opzioni di Analisi (consente di impostare le analisi che ClonyXXL farà), Analizza CD (avvia la ricerca di protezioni nel CD e, se selezionato, nell'HD. E' il comando principale di ClonyXXL), Avvia CloneCD (consente di trasferire le impostazioni selezionate a CloneCD), Impostazioni Manuali (apre una finestra che insegna a trovare alcune protezioni solo guardando il fondo del CD originale) e Settori Critici (consente di cercare bel CD i Settori Critici)

• Nella sezione 5, sono presenti 7:
  Giornale di Bordo (mostra tutte le operazioni eseguite dal programma).
  Trucchi/Aiuto (sono presenti 5 bottoni che danno numerose spiegazioni, tradotte solo dalla traduzione by Treviño 3.0).
  Informazioni sul Sistema (indica la versione di Windows, CloneCD e dei drivers ASPI; indica la quantità di memoria RAM disponibile; fa un elenco dei drives presenti nel PC).
  Protezioni (fornisce numerose informazioni riguardo le protezioni conosciute tradotte solo dalla traduzione by Treviño 3.0)
  Opzioni (consente di modificare alcune funzioni del programma)
  Impostazioni per CCD4 (questo dialogo è presente solo nel caso abbiate installato una versione di CloneCD v. 4.x.x.x, e consente di modificare le impostazioni che saranno adottate da CloneCD al momento dell'avvio
  Editor-Profili di CCD4 (questo dialogo è presente solo nel caso abbiate installato una versione di CloneCD v. 4.x.x.x, e consente di aprire-modificare-salvare i profili di CloneCD).
  Impostazioni Lettore (questo dialogo è presente solo nel caso abbiate installato una versione di CloneCD precedente alla 4.0, e consente di impostare il Lettore CD).
  Impostazioni Masterizzatore (questo dialogo è presente solo nel caso abbiate installato una versione di CloneCD precedente alla 4.0, e consente di impostare il Masterizzatore).